随着中国城市化的持续推进，完善城市治理体系，提高城市治理能力的重要性日益凸显。在上海市人民政府支持下，由上海交通大学和上海市人民政府发展研究中心合作建设，成立了中国城市治理研究院，旨在建成国际知名、具有中国特色的新型智库、优秀人才汇聚培养基地和高端国际交流合作平台。研究院采取院务委员会领导下的院长负责制，由上海交通大学中国城市治理研究院院长姜斯宪，上海市政府秘书长马春雷共同担任院务委员会主任，市政府发展研究中心主任祁彦担任第一副院长。院务委员会下设学术委员会，由加拿大多伦多大学校长格特勒（Meric Gertler）教授担任主任。
研究院自成立以来，依托上海交通大学文理医工农多学科优势，聚焦以上海为主的特大城市治理面临的突出难题，坚持创新、协调、绿色、开放、共享的新发展理念，瞄准全面推进“五位一体”的国家总体布局，围绕城市创新与高质量发展、城乡融合与区域协同、城市生态与环境治理、城市形象与网络传播、城市安全与社会治理五大研究领域进行了持续研究，产出了系列成果。
2018年，中国城市治理研究院荣获中国智库索引(CTTI)2018年度大学智库百强、上海社科院《2018中国智库报告》“中国特色新型智库”新智库提名。
2019年，中国城市治理研究院成功入选 “上海高校智库”一类智库。
2020年，中国城市治理研究院成功入选“上海市重点智库”。