国家卫生健康委体制改革司作为国家卫生健康委重要职能机构部门,承担深化医药卫生体制改革具体工作,研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议,承担组织推进公立医院综合改革工作。下设综合协调处、政策研究处、督导评价处、公立医院改革处。